生命科學里“內共生”理論，指的是不同的簡單細胞和細菌融合，產生新的復雜、高等的細胞。這些復雜細胞再構成更為復雜的生命，包括我們今天看到的絕大部分生命形式。
在分子水平上，也有一個類似的概念：水平基因轉移或者叫橫向基因轉移，說的是一種生物從另外一種生物獲得基因，這和通過祖裔關系而獲得基因物質的垂直或縱向轉移完全不同。而這種基因的橫向轉移，是生物演化中快速、大規模改變遺傳物質并影響到生物演化的一個重要機制。
如果把自然界中的現象用到人類社會中來，我認為過去的一百年中，西方的科學體系進入中國的儒家文化體系，無論是被納入或被入侵，已經形成了一種“內共生”現象，或者是橫向基因轉移。
從民國初科學與玄學的爭論，到現在“海龜”與“土鱉”的話題，我認為都是“內共生”過程必然的產物。但問題是：這個體系是否能形成一種更為優越的文化，發展出人類社會更為先進的形式？
幾年前，一位學者在北京大學的一次會議上提到，相對于西方，達爾文進化論最初在中國的傳播，沒有受到什么阻礙，甚至是很受歡迎。究其原因，是中國沒有一種宗教或固有思想與進化論強烈抵觸。
雖然這基本是事實。但我覺得，如此通行無阻，對一個積弱已久的社會，短期能起到震撼和醒悟作用，但長期卻未見得是好事。人們也常說新文化運動的啟蒙不夠，但到底不夠在什么地方？我認為進化論在中國的傳播多少能夠反映一點端倪。
當時的知識界，急于找到能拯救中國的靈丹妙藥，于是從實用主義的角度來看待進化論，完全沒有批判的分析，就吞下了“適者生存，物競天擇”這個果。沒有咀嚼，不知道它真正的味道是什么，也難說吸收了多少。沒有追究它的因，更沒有誰出來唱反調，基本上是一種文化上的不抵抗。盡管從道理上，不同文化中好的東西需要互相學習，但對西方科學不抵抗就盲 目接受本身，就已經是一種對科學的誤解，因為它丟掉了科學中的精髓：批判精神。
而現在科學上的浮躁，也是一種對科學消化不良的表現。在一個缺乏批判精神的環境中做科研，人們可以肆無忌憚，從隨意做事到亂說和造假，都可能出現。如果在一個富有批判精神的環境中，大家都會戰戰兢兢地做事。
實際上，達爾文進化論早年的傳播，在不同的地區，人們都是各取所需。說起“適者生存”，在寒冷的加拿大，拓荒者看到的是對惡劣氣候環境的應對。在溫暖的新西蘭，則更多地體現在白人擴張地盤中如何面對土著的毛利人。在歐洲傳統思想影響比較深的地方，比如澳大利亞，進化論傳播得比較慢；相對而言，在1869年才建立第一所大學的新西蘭，它的傳播反而比較快，因為受到傳統的阻力比較小。
另外，不同的社會族群，比如婦女，美國南方的黑人，猶太人，基督教徒等，都有不同的反應。但所有這些地區和人群的反應，似乎都不如進化論在中國造成的動靜那么大，那么熱烈。盡管當時中國一些受歐洲傳教士影響的報刊，曾經有過質疑達爾文進化論的聲音，但總的來說，達爾文進化論通過嚴復有選擇地介紹和很多人的熱捧，順利地進入中國，并深入人心。
一直到現在，這種思維都在繼續著。比如，發展才是硬道理。但是，所謂道理，只是一個特定過程中的道理，必須要隨時間的遷移理性對待、質疑和修正。在發展的過程中，人們很少問的問題是：中國有沒有必要仿效西方資本主義國家發展的模式，在消耗化石能源的基礎上，以物質豐度作為富有的參考標準，進行社會發展？別忘了中文中的一句：騎虎容易,下虎難。
早在1915年，胡適就在日記中寫道：“偶語韋女士吾國士夫不拒新思想，因舉《天演論》為證。達爾文《物種由來》之出世也，西方之守舊者爭駁之，歷半世紀而未衰。及其東來，乃風靡吾國，無有拒力。二十年來，‘天擇’‘競存’諸名詞乃成口頭常語。女士曰：‘此亦未必為中國士夫之長處。西方人士不肯人云亦云，而必經幾許試驗證據辯難，而后成定論。東方人士習于崇奉宗匠之言，茍其動聽，便成圭臬。西方之不輕受新思想也，未必是其短處；東方之輕受之也，未必是其長處也。’”胡適認為，韋女士的說法“此甚中肯。今之昌言‘物競天擇’者，有幾人能真知進化論之科學的根據耶？”
那個“韋女士”，是傳說中胡博士的相好之一。不過胡適怕他媽，也不敢真的對抗中國的文化傳統，有相好也不敢怎么著，最后湊合著和從未見過面的江東秀結婚，過了一輩子。這是一個文化江湖上美麗的傳說，也是一個諷刺。和魯迅的朱安、許廣平故事相比，讓人唏噓感嘆。胡適日記因為經過他的編輯，有修正主義的嫌疑，需要有條件地去看。如果那些話真是韋女士的話，不是胡博士的“聊齋”，那么這個韋女士還是有才的。能把問題看到這個份上，既要了解中國文化，也要知道西方科學。
西方之不輕受新思想，未必是其短處；東方之輕受之也，未必是其長處。
縱觀過去一百年，存在一個有趣的現象：在不輕受新思想的西方，各種新思想蓬蓬勃勃；在輕受新思想的東方，尤其在中國，有多少新思想產生？這表面上像是個悖論，但事實上，不輕受新思想，是科學精神的基礎之一；具有不輕受新思想的人群，就是滋生新思想和創新的土壤。因為不輕受，所以要重證據，這樣才能出真東西。反之則不然。從上面的“內共生”理論和水平基因轉移，到中性理論，自私的基因，間斷平衡等，都可以說明這一點。
去年聽了美國科學院院士P.G.Falkowski的一個報告，講地球生物化學系統的演化。在講到有關光合作用機制的形成時，他認為那由一百五十多個基因形成的“機器”，利用太陽能劈開水分子，產生氧氣和化學能，是地球生命演化中最為不可思議的一個復雜過程。
盡管人們到現在仍然不清楚那個機制是如何形成的，但他有一個論點是：植物的演化在20多億年前就已經完成。我們現在看到的各種花花草草，只是那個演化結果的不同組裝（repackage)。
當時就有一個學生提問，顯得有些激動，他認為Falkowski的觀點很擾人。這樣的學術觀點，自然會在學術討論中繼續下去，我沒有能力去評判。但我感到那個學生能在權威面前質疑，是科學能成長的最基礎、最本質的東西。
而在科學融入儒家文化過程中，國人缺乏這樣的質疑，一直到今天。我見過很多中國的學生，他們在權威前面很少有人敢吭聲說反對意見，鈍得令人嘆息。上下一百年，所謂“東方人士習于崇奉宗匠之言，茍其動聽，便成圭臬”。所以，西方科學體系和中國傳統文化的融合，是一個漫長的過程。我過去說過，科學的本質是疑而不是信，如果聽話的乖學生都是好學生，那中國的科學就沒有希望了�！�
《科學新聞》 (科學新聞2012年第2期 文化)